סקירת עמיתים חיצונית של בדיקת RT-PCR לגילוי SARS-CoV-2 מגלה 10 חסרונות מדעיים חיוניים ברמה המולקולרית והמתודולוגית: השלכות לתוצאות חיוביות שגויות.

קורא יקר, היום נתחיל בציטוט של פרופ 'אלברט איינשטיין, (משדר רדיו לערעור היהודי המאוחד, 11 באפריל 1943):

"השאיפה לאמת וידע היא אחד הדברים היפים ביותר שאדם מסוגל להם, גם אם הגאווה במרדף זה היא בעיקר על שפתיהם של מי שהכי פחות ממלאים בעיסוקים כאלה."

העולם היה עם כמעט שנה מגיפת קורונה מוּעֳסָק. ננקטו הרבה מאוד צעדים לשליטה במצב. אנו בצוות המדע-טנק של DTT מעולם לא התייחסנו לנושא מגיפת הקורונה. הסיבה די פשוטה. על מנת לגבש דעה מדעית בנושא, אתה צריך מחלוקת בריאה ומכבדת, במיוחד במדע. מדענים טובים תמיד עשו זאת. אם רק מסתכלים על ההיסטוריה של פיזיקת הקוונטים והריבים האגדיים השונים בין מדענים, אתה לומד איך המדע עובד. למרבה הצער התרחש בהווה משבר קורונה כמעט לא עייף מסכסוך ראוי, עד עכשיו.

אין צורך להזכיר בשלב זה כי הבסיס לצעדים שונים של הממשלות בדיקות PCR לְיַצֵג.

העבודה שפורסמה בתחילת 2019: איתור וירוס הקורונה החדש (2019-nCoV) על ידי RT-PCR בזמן אמת - ניתן למצוא כאן (https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045)

מחברים:

ויקטור M קורמן, אולפרט לנדט, מרקו קייזר, ריצ'רד מולנקמפ 4, אדם מאייר, דניאל KW צ'ו 6, טוביאס בליקר 1, סבסטיאן ברונינק, ג'וליה שניידר, מארי לואיסה שמידט 1, דפנה GJC מולדרס 4, בארט ל האגמנס, בס ואן דר ויר, שרון ואן דן ברינק , ליסה ויסמן, גבריאל גודרסקי, ז'אן לואי רומט, ג'ואנה אליס, מריה זמבון, מאליק פייריס, הרמן גוסנס, שנטל רוזקן, מריון PG קופמנס, כריסטיאן דרוסטן   

ידוע. זה היה, ואולי עדיין, הטריגר העיקרי להופעה בדיקות PCR.

מבלי להיכנס לפרטי העבודה, נרצה להיכנס לאחד מהם סקירת דוח למשוך תשומת לב:

מקור תמונה: Pixabay

סקירת עמיתים חיצונית של בדיקת RTPCR לאיתור SARS-CoV-2 מגלה 10 פגמים מדעיים עיקריים ברמה המולקולרית והמתודולוגית: השלכות על תוצאות חיוביות שגויות - ניתן למצוא כאן (https://cormandrostenreview.com/report/)      

מחברים:

פיטר בורגר, בובי ראג'ש מלוטרה, מייקל יידון, קלייר קריי, קווין מק'קרנן, קלאוס שטגר, פול מקשיי, לידייה אנג'לובה, פאביו פרנצ'י, תומאס בינדר, הנריק אולריך, מקוטו אושי, סטפנו סקוגליו, מרג'ולין דוסבורג-ואן קלפנס, דורותיאה גילברט, ריינר קלמנט, רות שרופר, ברבר וו. פיקסמה, יאן בונטה, ברונו ה 'דאל קרבונר, קווין פ. קורבט, אולריקה קמרר.             

      
המאמר הוא תרגום של הנקודות המהותיות של הסקירה לגרמנית: מקור (https://cormandrostenreview.com/report/):

סקירת עמיתים חיצונית של בדיקת RT-PCR לגילוי SARS-CoV-2 מגלה 10 חסרונות מדעיים חיוניים ברמה המולקולרית והמתודולוגית: השלכות לתוצאות חיוביות שגויות.

בפרסום שכותרתו "איתור וירוס הקורונה החדש (2019-nCoV) על ידי RT-PCR בזמן אמת"(Eurosurveillance 25 (8) 2020) הכותבים מספקים זרימת עבודה אבחונית ופרוטוקול RT-qPCR לאיתור ואבחון של 2019-nCoV (המכונה כיום SARS-CoV2) שלטענתם תוקף ומספק מתודולוגיית אבחון חזקה לשימוש במעבדות לבריאות הציבור. לאור ההשלכות של פרסום זה על חברות ברחבי העולם, קבוצת חוקרים עצמאיים ביצעה סקירה נקודתית של הפרסום הנ"ל ובו

1) כל מרכיבי תכנון הבדיקה שהוצגו נבדקו,

2) ה המלצות פרוטוקול RT-qPCR הוערכו כנוהגים מעבדה טובים

und

3) הפרמטרים נבדקו באמצעות הספרות המדעית הרלוונטית בתחום.

שפורסם פרוטוקול RT-qPCR לאיתור ואבחון של 2019-nCoV ולכתב היד יש שגיאות טכניות ומדעיות רבות, כולל תכנון פריימר לא מספיק, בעייתי ולא מספיק פרוטוקול RT-qPCR והיעדר מדויק אימות בדיקה. לא המבחן שהוצג ולא כתב היד עצמו עומדים בדרישות לפרסום מדעי מקובל. יתר על כן, ניגודי עניינים חמורים של המחברים אינם מוזכרים. לבסוף, פרק הזמן הקצר מאוד בין הגשת קבלת הפרסום (24 ​​שעות) מעיד על כך שיטתי תהליך סקירת עמיתים או שלא בוצע כאן או שהוא באיכות ירודה בעייתית. אנו מספקים עדויות משכנעות למספר חוסרים מדעיים, פגמים ופגמים.

לאור החסרונות המדעיים והמתודולוגיים המובאים כאן, אנו בטוחים כי צוות המערכת של מעקב אירו אין ברירה אלא לפרסם לסגת.

קטלוג סיכום של ליקויים שנמצאו בעיתון

דאס נייר קורמן-דרוסטן מכיל את השגיאות הספציפיות הבאות:

1. אין שום סיבה מוגדרת לשימוש בריכוזי פריימר גבוהים במיוחד אלה בפרוטוקול זה. הריכוזים המתוארים מובילים להגברת קשירה לא ספציפית ולהגברת מוצר PCR, מה שהופך את הבדיקה ללא מתאימה ככלי אבחוני ספציפי לזיהוי נגיף ה- SARS-CoV-2.

2. שש עמדות מתנדנדות לא מוגדרות מובילות לשונות עצומה ביישומי המעבדה בעולם האמיתי של בדיקה זו; התיאור המבלבל והלא-ספציפי בעיתון Corman-Drosten אינו מתאים כפרוטוקול עבודה סטנדרטי, מה שהופך את הבדיקה ללא מתאימה ככלי אבחוני ספציפי לזיהוי נגיף SARS-CoV-2.

3. הבדיקה אינה יכולה להבחין בין הנגיף כולו לשברים הנגיפיים. לכן לא ניתן להשתמש בבדיקה ככלי אבחון לנגיפים שלמים (זיהומיות), מה שאומר שהבדיקה אינה מתאימה ככלי אבחוני ספציפי לזיהוי נגיף ה- SARS-CoV-2 ומאפשרת להסיק מסקנות לגבי נוכחותו של הַדבָּקָה.

4. הבדל של 10 מעלות צלזיוס ביחס לטמפרטורת החישול Tm לזוג פריימר 1 (RdRp_SARSr_F ו- RdRp_SARSr_R) הופך את הבדיקה גם לא ככלי אבחוני ספציפי לזיהוי נגיף SARS-CoV-2.

5. טעות קטלנית היא היעדר ערך Ct שבו מדגם נחשב לחיובי ושלילי. ערך Ct זה גם לא נמצא ביישומים הבאים, מה שהופך את הבדיקה ללא מתאימה ככלי אבחון ספציפי לאיתור וירוס SARS-CoV-2.

6. מוצרי ה- PCR לא אומתו ברמה המולקולרית. עובדה זו הופכת את הפרוטוקול לבלתי שמיש ככלי אבחון ספציפי לזיהוי נגיף ה- SARS-CoV-2.

7. בדיקת ה- PCR אינה מכילה בקרה חיובית חד משמעית להערכת הספציפיות שלה ל- SARS-CoV-2, ואף לא בקרה שלילית כדי לא לכלול נוכחות של קורונווירוסים אחרים, מה שהופך את הבדיקה לכלי אבחון ספציפי לזיהוי SARS-CoV-2. וירוס אינו מתאים.

8. תכנון הבדיקה בעיתון Corman-Drosten הוא כה עמום וליקוי עד שאפשר ללכת לעשרות כיוונים שונים; שום דבר אינו סטנדרטי ואין SOP. זה מעמיד את תקפותה המדעית של הבדיקה המדוברת והופך אותה לבלתי מתאימה ככלי אבחון ספציפי לזיהוי נגיף ה- SARS-CoV-2.

9. ככל הנראה, נייר Corman-Drosten לא נבדק על ידי עמיתים, מה שהופך את הבדיקה ללא מתאימה ככלי אבחוני ספציפי לזיהוי נגיף ה- SARS-CoV-2.

10. אנו מוצאים ניגודי עניינים חמורים אצל לפחות ארבעה מחברים, בנוסף לעובדה ששניים ממחברי עיתון קורמן-דרוסטן (כריסטיאן דרוסטן ושאנטל רוזקן) הם חברי מערכת האירופורור. ניגוד אינטרסים נוסף ב- 29 ביולי 2020 (אולפרט לנדט הוא מנכ"ל TIB-Molbiol; מרקו קייזר הוא חוקר בכיר ב- GenExpress ומשמש כיועץ מדעי ל- TIB-Molbiol), שלא הוכרז בגרסה המקורית (ו ב- PubMed -Version עדיין חסר); TIB-Molbiol היא החברה שהייתה "הראשונה" לייצר ערכות PCR (Light Mix) על בסיס הפרוטוקול שפורסם בכתב היד של קורמן-דרוסטן, ולשונה, מכרה את ערכות בדיקת ה- PCR הללו עוד לפני פרסום [20 ]; בנוסף, ויקטור קורמן וכריסטיאן דרוסטן לא הזכירו את שיוכם השני: מעבדת הבדיקה המסחרית "העבודה ברלין". שניהם אחראים לאבחון וירוסים שם [21] והחברה פעילה בתחום בדיקות PCR בזמן אמת.

סיכום

ההחלטה לגבי אילו פרוטוקולי בדיקה יש לפרסם ולהנגיש באופן כללי מונחת בידי המעקב האירו. להחלטה להכיר את השגיאות הניכרות במחקר קורמן-דרוסטן יש יתרון בכך שעלויות וסבל של אנשים ממוזערים מאוד בעתיד.
האם זה לא האינטרס של אירו-מעקב לחזור ממאמר זה? המסקנה שלנו ברורה. לאור כל הפגמים והפגמים העצומים של פרוטוקול PCR המתוארים כאן, אנו מסיקים כי לא נותרה הרבה ברירה במסגרת שלמות ואחריות מדעית.

[1] קורמן ויקטור M, לנד אולפרט, קייזר מרקו, מולנקאמפ ריצ'רד, מאייר אדם, צ'ו דניאל KW, בליקר טוביאס, ברונינק סבסטיאן, שניידר ג'וליה, שמידט מארי לואיסה, מולדרס דפנה GJC, האגמן בארט ל ', ואן דר ויר בס, ואן den Brink Sharon, Wijsman Lisa, Goderski Gabriel, Romette Jean-Louis, Ellis Joanna, Zambon Maria, Peisis Malik, Goossens Herman, Reusken Chantal, Koopmans Marion PG, Drosten Christian. איתור וירוס הקורונה החדש (2019-nCoV) על ידי RT-PCR בזמן אמת. מעקב יורו. 2019; 2020 (25): pii = 3. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

[2] תקשורת דוא"ל בין ד"ר. פיטר בורגר וד"ר אדם מאייר: חומר משלים

[3] Jafaar et al., קורלציה בין 3790 תגובת שרשרת פולימראז כמותית - דוגמאות חיוביות ותרבויות תאים חיוביות, כולל 1941 תסמונת נשימה חריפה בדרכי הנשימה הקורונאווירוס 2 מבודדות. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603

[4] BBC, 21 בינואר 2020: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836;
ארכיון: https://archive.is/0qRmZ

[5] Google Analytics - COVID19- מקרי מוות ברחבי העולם: https://bit.ly/3fndemJ
ארכיון: https://archive.is/PpqEE

[6] בדיקות מעבדה עבור המרכז הטכני לתגובת חירום של COVID-19, NIVD תחת
סין CDC 15 במרץ 2020: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf

[7] מדריך PCR בזמן אמת טכנולוגיות חיים: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf Nolan T, Huggett J, Sanchez E. מדריך תרגול טוב ליישום PCR כמותי (qPCR) מהדורה ראשונה 2013

[8] Trestan Pillonel et al, מכתב לעורך: גילוי SARS-CoV-2 על ידי RT-PCR בזמן אמת: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/

[9] Kurkela, Satu, and David WG Brown. "טכניקות אבחון מולקולריות." רפואה 38.10
(2009): 535-540.

[10] Wolfel et al., הערכה וירולוגית של חולים מאושפזים עם COVID-2019
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x

[11] Thermofischer Primer Dimer Tool Web: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library /thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html

[12] פריימר-בלסט, NCBI - המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגיה: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

[13] Marra MA, Steven JMJ, Caroline RA, Robert AH, Angela BW et al. (2003) מדע. רצף הגנום של נגיף העטרה הקשור ל- SARS. מדע 300 (5624): 1399-1404.

[14] תסמונת נשימה חריפה חמורה קורונאווירוס 2 מבודדת את ווהאן-הו -1, הגנום השלם: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

[15] בורגר פ. צפוי היה וירוס קורונא דמוי סארס אך לא נעשה דבר כדי להיות מוכן. ב- J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-like_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared;  ארכיון: https://archive.is/i76Hu

[16] תהליך הערכה / סקירה של נייר האירו-מעקב: https://www.eurosurveillance.org/evaluation

[17] המלצה רשמית של פרוטוקול וכתב היד של קורמן-דרוסטן על ידי ארגון הבריאות העולמי, שפורסמה ב- 13 בינואר 2020 כגרסה 1.0 למסמך: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus -בחינה-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; archive: https://bit.ly/3m3jXVH

[18] ההמלצה הרשמית של ארגון הבריאות העולמי לפרוטוקול Corman / Drosten RT-qPCR, הנובעת ישירות מפרסום Eurosurveillance, גרסת המסמך 2-1, שפורסמה ב-
17th January 2020: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2

[19] מועצת המערכת של Eurosurveillance, 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-assets/imgs/2020-09-Editorial%20Board%20PDF.pdf; ארכיון: https://bit.ly/2TqXBjX

[20] הוראות לשימוש LightMix SarbecoV E- גן בתוספת בקרת EAV, TIB-Molbiol & Roche Molecular Solutions, 11 בינואר 2020: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-gene_V200204_09164154001 (1 ) .pdf
ארכיון, חותמת זמן - 11 בינואר 2020: https://archive.is/Vulo5;  ארכיון: https://bit.ly/3fm9bXH [21] כריסטיאן דרוסטן וויקטור קורמן, אחראי על אבחון נגיפי בעבודה ברלין:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/  ארכיון: https://archive.is/CDEUG

[22] טום ג'פרסון, אליזבת ספנסר, ג'ון בראסי, קרל הנגן תרבויות נגיפיות להערכת זיהום COVID-19. סקירה שיטתית. סקירה שיטתית doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932-XNUMX-XNUMX-XNUMX https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4

[23] קים ואח ', הארכיטקטורה של תעתיק SARS-CoV-2: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062

[24] תשובת ECDC לד"ר. פיטר בורגר, 18 בנובמבר 2020: חומר משלים

[25] פרופ 'דר. אולריקה קמרר וצוות, סקר וטבלת פריימר-בלסט